保護飲用水水源是保障飲用水安全的第一道關，農業水資源與農業生態環境保護、實現農業可持續發展也尤為重要。污水灌溉、工業廢水排放、農業投入品的流失、農村生活污水等都對農業水資源及環境造成了影響。
近年來，普洱市積極開展農業污染源普查，實施鄉村清潔工程示范及生態村建設及無公害農產品產地認證。農業污染源普查通過摸清種植業、畜禽養殖業和水產養殖業生產過程中產生的污染物種類、產生量、排污量、排放量及其去向，為農業環境污染防治及農業政策的制定提供決策依據。建立了農業污染源檔案和信息數據庫，根據對污染數據的分析，普洱農業污染源狀況屬于良性階段，未造成大的破壞。
大力推廣生態農業技術，促進農業生產和生活方式轉變，從根本上改變農村臟亂差的局面和耕作力下降問題。建立健全村規民約，對村民進行無公害蔬菜種植技術、科學養豬技術培訓，建設生活污水處理池、垃圾房、分類垃圾箱等，使村容村貌得到明顯改善。合理施用農藥、化肥，加強源頭管理。禁止施用禁用、濫用農藥，大力推廣測土配方，每年確保實施360萬畝。
目前，已完成了5個縣的無公害農產品產地認定整體推進，組織20余家企業認定無公害基地。全市無公害基地認定面積已達282.1萬畝，推行農業標準化建設，以達到抓好飲用水源、灌溉水源的保護，加大對農業面源污染的治理和管理力度。
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