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由于自然條件約束以及幾十年的人口增長和經濟發展，日本是一個水資源相對短缺的國家。
為了解決水資源短缺的問題，滿足經濟發展和人民生活水平提高而帶來的用水需求，日本政府建立了一套具有自身特色的管理體制。
在日本的水資源管理中，政府的作用主要表現在三個方面：一是制定和實施水資源開發和環境保護的政策和總體規劃；二是對水務事業單位和設施進行監管并負責其運營、維護和管理；三是用稅收收入和發行債券收入為水資源管理提供財政支持，其中，中央政府每年在水資源管理方面投入的資金是國家預算總額的10%。政府的財政資金既支持新的水資源開發和保護設施的建設，也支持對現有設施的運營、維護和管理。這些設施分為防洪、污水處理、農業用水、工業用水、生活用水等類別，對不同類別的設施，政府提供財政支持的比例不同。
對于水資源管理，日本的中央政府和地方政府有比較明確的職責分工。中央政府主要負責制定和實施全國性的水資源政策、制定水資源開發和環境保護的總體規劃；地方政府則在中央政策的框架下，負責供水系統、水處理設施、水務機構的運營、維護和管理，此外，還對公共用水的水質開展監控，對私營機構進行監督，以保證其廢水排放達標。
在中央政府，有五個部門涉及水資源管理，它們是國土交通省、環境省、厚生勞動省、經濟產業省、農林水產省1。五個部門之間既有分工又有合作，就是說，它們一方面通過省際聯席會之類的形式開展合作，以制定與水資源相關的綜合性政策，另一方面，它們又分別承擔著與各自領域相關的不同職能。
為改善水資源管理，日本構建了一個比較完整的法律體系，該體系框架分為五個領域：（1）水資源開發的總體規劃；（2）補貼；（3）水權/水交易；（4）水務企業的運營和管理；（5）水質保護。
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