為減少長江流域各用水部門和地區間的矛盾，水利部將抓緊制定流域初始水權分配制度，做好流域水量的統一調度。
在舉行的第三屆長江論壇上，水利部副部長胡四一表示，雖然長江流域水資源豐富，但因流域內水資源需求日益增長，加上南水北調、引江濟巢（巢湖）、引江濟太（太湖）等工程的實施，各用水部門和地區間的矛盾已開始顯現，尤其是遇到枯水年，矛盾將更加突出。
長江流域水資源公報公布的數據顯示，2007年全流域供水量約為1925億立方米，比1998年增長16％。而據長江流域水資源綜合規劃預測，到2030年，多年平均情況下流域總需水量為2351億立方米。流域需水量的增加，一定程度上將減少長江口的入海水量，特別是跨流域調水對長江口入海徑流量的影響更加明顯。
另外，為滿足流域防洪、發電、灌溉、航運等綜合治理開發的需要，長江上游已有一大批已建和在建的控制性水利水電工程。目前已建成的控制性水庫有：雅礱江的二灘、岷江的紫坪鋪、長江干流的三峽和葛洲壩等。預計到2020年，還將有以向家壩、溪洛渡為代表的20多座控制性水庫建成投運。這些水庫建成后，將形成700多億立方米的調節庫容，雖然綜合效益巨大，但也不可避免地將改變長江中下游的來水、來沙狀況。
胡四一表示，如果調度不合理，各水庫在蓄水期及枯水年份相對集中地進行水量控制，將影響下游地區的供水狀況，加劇各用水部門之間的矛盾。
而入海水量的減少，還會對長江口抵御咸潮帶來不利影響，特別是在枯水期，可能會導致長江口重要水源地含氯度超標，影響該地區的淡水供應。
作為長江口城市，上海的用水主要來源于黃浦江和長江，但上海每年都要經受咸潮的入侵，造成長江取水口的原水供應減少。為確保用水安全，上海目前正在建設青草沙水庫，這也是目前國內最大的“蓄淡避咸”河口江心水庫，設計總庫容為5.24億立方米，有效庫容為4.35億立方米。
因此，“要認真研究以三峽為核心的長江干支流控制性水庫群的綜合調度，按照上下游、左右岸協調，開發與保護并重，總體與局部利益共贏的原則，做好控制性水工程的統一調度工作。”胡四一說。
事實上，水利部早在幾年前就開始了對于初始水權的關注，并開展了一系列試點。2004年，水利部松遼水利委員會通過對初始水權分配的原則和程序、類型和擁有期限、協商機制、政府預留水量、微觀用水定額指標體系等專題的系統研究，建立了一整套較完備的流域初始水權分配理論體系。
大凌河試點是水利部進行的首個流域初始水權分配試點，該流域地跨河北省、內蒙古自治區和遼寧省，大部分面積在遼寧省境內，流域水資源短缺，來水年內、年際差異大，地下水超采嚴重，用水矛盾比較突出。去年11月，經國務院授權，水利部批準了大凌河流域（省區際）水量分配方案。
去年2月，《水量分配暫行辦法》正式施行，這標志著我國初始水權分配制度已經基本建立，但這只是水權制度法律框架建設邁出的第一步，包括分配、轉讓等在內的操作細節并未得以體現。華中科技大學法學院副院長裴麗萍對CBN記者表示，對于水量的分配，應綜合考慮地區面積、人口、經濟總量等因素，“這是一個復雜的過程。”
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