不少受邀參與過2013年10月全國人大常委會對環保法修訂案草案三審的代表都記得，那一版的草案，在確定環境公益訴訟主體的時候，居然規定只有中華環保聯合會及其在各地分支機構具備提起環境公益訴訟的主體資格。
該草案一經公布，社會輿論一片嘩然。細究中華環保聯合會的背景，這是一家由環保部主管的社會組織。盡管在學界看來，與前兩個版草案相比，環保法修訂案三審草案朝著“史上最嚴的環保法”前進了一大步，但把環境公益訴訟的主體確立在環保部旗下的一家社會組織，實在令人費解。有學者評價說，這樣的規定也太突出部門利益了吧。
無獨有偶，2006年郵政法在征求意見時有這么一條，“信件的寄遞由郵政企業專營”，這意味著，所有的快遞企業都不能參與信函的寄遞，背后充滿了濃重的部門保護。
當然，在法律最終通過時，這樣過于凸顯部門利益的條款都被刪除和修改。但法律制定過程中部門利益博弈的話題一直被人大代表所關注。
立法中的部門博弈早已經是公開的秘密，特別是在涉及行政許可和行政審批的權限劃分中，各個部門更是不遺余力地爭取部門利益的最大化。全國人大代表、中科院上海分院院長朱志遠說，他曾多次參與全國人大常委會組織的立法審議，每次參加，他都有一個很深的感受，各部門就各自的管轄權都爭得很厲害，這都是不正常的現象。
對此，全國人大代表、上海市環保局局長張全也深有感受。他說，我國目前對水資源管理有兩部法律，一部是水污染防治法，一部是水法。
說起來都是與水資源相關的法律，但一部側重污染管理，一部側重水資源，背后的管理部門也不同，水污染防治法屬于環保部，水法中大部分的管理職能由水利部承擔。事實上，兩部法律完全可以整合。
張全用環境領域的另一部法律來解釋法律背后的部門利益化。在環境管理中，固體廢物有好多種分類，生活垃圾、建筑垃圾、工業廢物、醫療廢物、危險廢物……有很多不同的管理部門，雖然只有一部固體廢物污染環境防治法，也同樣能發揮效用。一部法能管好不同種類的垃圾，一部與水有關的法律是不是也就夠了呢？
全國人大代表、中國社科院法學研究所民法室主任孫憲忠認為，要辯證地、歷史地看待立法中的部門利益博弈。他本人不完全同意用博弈來描述立法中各部門間的利益關系。孫憲忠參與過《不動產條例》的起草，這部已經于今年3月1日起實施的法規，最大的特點之一就是將過去分散在林業、國土、城建等部門的不動產登記，統一到了國土資源部門。這意味著原先的部門都要放棄自己的管理權限。
孫憲忠記得，在法規擬訂的初期，很多部門也是不同意的，也有過很多爭論，但他認為這都可以理解。比如，林地的登記工作，林業部門已經做了很多年，不僅有大量的積累，而且還有一整套工作班子在為這項登記工作服務。現在要整合統一，不僅涉及到信息的整合，更重要的是這項工作背后的群體怎么安排。這樣的討論、僵持、最后相互理解都是一個必要的過程。
在全國人大代表、中國船舶重工集團公司第711研究所所長金東寒看來，別說是國家立法的過程中有利益博弈，即便是一個單位的規章制度在制定過程中也充滿了利益的平衡。
有學者介紹說，為了彌補立法機關在專業性和實踐經驗的不足，我國部分法律的制定走這樣的流程：由行政部門起草，國務院法制辦修改，提交全國人大常委會審議。部門既是法規起草者，又是執法者，立法時就容易過多考慮部門利益。
金東寒注意到，在此次提交代表們審議的立法法修正案草案中提到，為加強和改進法律起草機制，全國人大有關的專門委員會、常委會工作機構可以提前參與有關方面的法律草案起草。他認為，這樣的表述意味著人大常委會將在立法中發揮更多的作用，制衡立法過程中的部門利益博弈。
張全則認為，要破除立法中的部門利益化，要動員社會力量參與立法。一方面是要提高立法過程中的透明度，將草案向社會公布征求意見，另一方面，可以開門立法，法律草案的文本不由行政部門提出，而是由第三方機構競標參與。
事實上，立法法修正案草案中也體現了張全所呼吁的內容，有專門的條款指出，法律案有關問題存在重大意見分歧或者涉及利益關系重大調整的，可以召開聽證會，聽取基層和有關群體代表、有關部門、人民團體、社會組織和有關專家的意見。
正在審議的立法法修正案草案，還增加了這樣的條款： “沒有法律行政法規依據，部門規章不得創設限制或者剝奪公民、法人和其他組織權利的規范，或者增加公民、法人和其他組織義務的規范，不得增加本部門的權利、減少本部門的法定職責。”
在不少代表看來，這樣的表述也意味著，今后政府的部門規章不得再任性地將自己的部門利益固化。孫憲忠則認為，如果立法法修正案草案被通過，各行政部門還應該對照法律，看看自己有哪些規章增加了公民的義務，而減少了自己的法定職責。
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