服務國家經濟建設。提供全面、可靠、完整的系列水文資料，加強水文分析計算和研究論證等工作，充分發揮水文工作的公益性和基礎性作用。服務區域總體規劃和產業結構調整，為涉水工程規劃設計與建設運行提供科學依據。加強區域性旱澇情勢分析預測，為節水增糧、保障糧食安全提供支撐。擴大水文資料收集范圍，深化水文信息產品加工，為工農業生產和交通、能源、旅游、國防等提供廣泛的水文服務。
服務防汛防旱。通過及時提供江河湖庫防汛站點實時水雨情信息及流域、區域、河段汛情、水雨情綜合分析成果等，為各級政府防汛防旱指揮部門開展防洪防旱調度與防汛搶險提供支撐。如在1954年、1991年、1998年、2003年長江、淮河流域大水期間，水文部門第一時間監測雨量、水位數據，為防汛指揮部門預降湖庫水位，加固堤防，轉移人員等各類防災減災準備提供了基礎信息與決策依據。水文部門加強旱情監測，健全土壤墑情監測站、重點地區旱情綜合實驗站和重點小型水庫（水源地）監測站的旱情監測站網體系。建立旱情分析報告制度，及時提供準確可靠的土壤墑情和旱情信息。利用手機報平臺，水文職工每天編發水情短信、定期對太湖、駱馬湖、長江潮位進行分析預報。每年入水情庫數據記錄總數超600萬條。
服務水資源優化配置。加強對南水北調、江水北調、引江濟太、通榆河送水等跨流域區域調水的供水水源地、行政區界和沿途取水口的水量水質監測分析。為水資源的科學調度、合理配置和有效管理提供科學依據。
服務飲水安全。水文部門對全省1332個水功能區、117個重要集中式飲用水源地，以及入河排污口等進行水質監測。每年獲得水質數據達65萬個。監測中若發現重點污染物排放總量超過控制指標，或者水功能區水質未達到水域使用功能對水質要求，或者飲用水源地水量、水質等情況變化可能危及飲用水安全等，除加強跟蹤監測和調查外，還及時將情況報當地政府及有關部門，以便及時采取措施，保障供用水安全。每月定期監測水功能區、飲用水源地，水質狀況，編制提供水功能區通報、水源地情勢分析報告。
服務用水總量控制。充分發揮水文站網在水資源管理中的基礎和支撐作用，全面加強江河湖庫特別是行政區界水量水質監測，加強跨流域跨區域調水、生態修復水量配置以及地下水動態監測。健全水資源分析評價和監控體系，加強區域用水總量、規模以上取用水監測分析，加強水資源調查評價和論證，提高監測分析和評價質量，為政府制定中長期供水計劃和水量分配方案、實施用水總量控制提供支撐，為水資源規劃、水資源優化配置和建立實施水權制度提供服務。
服務用水效率控制。加強用水計量監測，開展農業、工業和生活等用水計量監測和資料復核，加強企業用水水平衡測試，加強供水水源地和地下水超采區監測，加強庫區和灌區引（排）水監測分析與核查，分析評價節水措施和節水工程運行效果，支撐政府實施用水定額管理和用水效率考核，為大力推進節水型社會建設提供服務。
服務限制納污控制。充分發揮水文站網水量水質同步監測功能和優勢，強化水量水質同步監測分析評價。分析研究污染物的分布、輸移、擴散和降解等規律，結合水量變化，分析水體納污能力，加強水質綜合評價，及時提供水質監測信息與分析評價結果，為政府防污減污和實施納污控制管理提供依據。
服務水環境保護。加強江河湖庫、行政區界、供水水源地、水功能區的水量水質監測，分析評價水資源的量質動態變化，為水環境保護提供科學依據。深入研究江河湖庫水量周期性交換規律，為調水排污、動水沖污、補水淡污、壓咸補淡等潔水措施的實施運用提供支撐。
服務水生態建設。對江河湖庫、地下水等水體的水量水質監測，以及江河湖庫以藻類為代表的水生態監測和富營養化分析，開展對河湖水體底棲生物、浮游生物、魚類以及兩棲生物等在內的生物群落監測調查和研究，分析評價水體的生態狀況和功能，為水生態保護和修復提供依據。2007年以來，每年4月20日到10月20日，水文部門開展太湖巡查，采集不同區域水樣，進行分析比較，為太湖治理積累了大量數據。
服務社會公共需求。加強水文信息社會公共服務能力建設，構建水文信息咨詢服務平臺，充分利用各種媒體手段，及時發布各類實時水文信息和相關預警預報信息，方便公眾查詢，為百姓日常生產生活提供便利。加強水文資料深加工，開發各類水文信息梯級產品，充分發揮水文資料的社會效益，滿足社會公眾的不同需求。
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