為了保護三峽庫區水環境安全，重慶市制訂出臺了相關區域和流域水污染防治辦法，將區域限批、排污權交易、環境污染責任保險等制度和措施上升為地方性法規，力求運用多種防治手段保護水環境安全。
根據今年10月1日正式施行的《重慶市長江三峽水庫庫區及流域水污染防治條例》（以下簡稱《條例》），重慶市的任何單位和個人排放水污染物，不得超過國家或者本市規定的水污染物排放標準和重點水污染物排放總量控制指標。新建、改建、擴建直接或者間接向水體排放污染物的建設項目和其他水上設施，應當依法報批環境影響評價文件并執行污染防治設施與主體工程同時設計、同時施工、同時投入使用的“三同時”制度。
《條例》規定，對未按期完成水污染防治主要目標任務，或者突出水環境問題未按期解決的區域（含工業園區）、企業，環境保護行政主管部門應當暫停審批新增水污染物排放的建設項目的環境影響評價文件。同時規定，相關主管部門應當同步暫停審批、核準或者備案，建設單位不得擅自開工建設。
為進一步規范主要污染物排放權交易活動，推進主要污染物減排，《條例》規定，重慶市內新建、改建、擴建工業建設項目，其新增重點水污染物排放權應當按照國家和本市規定通過排污權交易取得。
環境污染責任保險是提高防范環境污染風險能力、維護污染受害者合法權益的有效手段。對此，《條例》明確鼓勵排污單位根據環境安全的需要，投保環境污染責任保險。《條例》鼓勵采用有利于水污染防治的生產方式和清潔生產工藝，減少向水體排放污染物。
此外，重慶市要求排污單位必須安裝水污染防治在線監測設施，并保證設施的正常使用，如實記錄污染防治設施的運行、維護和污染物排放等情況備查。
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